Os pesquisadores da Proteobras têm experiência em técnicas de manipulação de genes, produção e purificação de proteínas. O objetivo da empresa é identificar moléculas com fins farmacêuticos, especificamente de natureza proteica, de origem animal ou humano e desenvolver estratégias utilizando técnicas de recombinação gênica para sua produção. A Proteobras tem parcerias com pesquisadores da Universidade de São Paulo – UNIFESP, Universidade Federal de Minas Gerais – UFMG, Universidade Federal de Uberlândia – UFU, Instituto Max-Delbrück for Molecular Medicine de Berlim – Alemanha e Universidade de Mogi das Cruzes – UMC.

Desde sua fundação, a Proteobras teve os seguintes projetos de pesquisa aprovados por órgãos de fomento Estaduais e Federais:

	Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico – CNPq Programa Pesquisador Visitante (2005) Programa de Formação de Recursos Humanos em Áreas Estratégicas - RHAE (2008)
	Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo – FAPESP Programas de Incentivo à Pequena Empresa – PIPE I (2005) e PIPE II (2010)
	Financiadora de Estudos e Projetos – FINEP (Agência Brasileira de Inovação) Subvenção Econômica (2006)
	Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Programa Nacional de Pós Doutorado – PNPD (2009)

Os projetos em desenvolvimento na Proteobras atualmente são focados em:

A Proteobras investe também na produção de reagentes de laboratórios para facilitar a vida do pesquisador, tanto em laboratórios de pesquisa nas Universidades e nas Empresas e também na produção de imunobiológicos.